学术研究机构在使用中国知网查重入口时，首先需要注册登录中国知网账号，然后进入查重入口页面。在页面中选择上传待查重的论文文件，系统会自动进行查重分析，并给出相应的查重报告。学术研究机构可以根据报告内容进行论文修改，提高学术论文质量。

另外，学术研究机构还可以在中国知网查重入口页面设置相关参数，如排除引用、排除参考文献等，以获取更精准的查重结果。同时，学术研究机构也可以查看历史查重记录，方便管理和追踪论文的查重情况。通过合理使用中国知网查重入口，学术研究机构可以提升学术研究水平，确保学术诚信。